曹化淳幼时家境寒微，受“近君养亲”风气的影响，于十二三岁左右入宫。因天资聪慧，勤奋好学，在宫中受到良好的教育，诗文书画，样样精通，深受司礼太监王安赏识，倚为亲信。后入信王陪伴侍奉五皇孙朱由检。天启初年，太监魏忠贤得宠弄权，害死王安，曹化淳受牵连被逐出北京，发配到留都南京待罪。1628年朱由检继皇帝位，改元崇祯，曹化淳随即被召还，委以重任，**冤案。因办事得力，深得崇祯皇帝的信任和倚重。至崇祯四年，曹化淳在宫中的地位已相当显赫。该年夏，曹化淳主持在家乡王庆坨建造了玄帝殿和观音阁，并亲撰碑文。
崇祯十一年，任司礼秉笔太监、东厂提督，总提督京营戎政的曹化淳因病乞准告假，向崇祯帝连上三疏。
崇祯十二年二月，曹化淳蒙允告假还乡。
曹化淳同胞兄弟五人，三兄化富、四兄化勤早丧，曹化淳与同朝为官的次兄后军都督化雨关系最为密切。崇祯十六年六月六日，曹化雨病逝，因长兄化春年迈，殡葬及转年春立碑、建亭等事均由曹化淳亲临料理。
不白之冤甲申三月，曹化淳不在北京，其时已经乡居六载。
甲申五月，清军入京，为崇祯皇帝后发丧三日，追赠庙号怀宗。十月，顺治移驾北京，曹化淳赴都上疏，请妥善处理怀宗帝后陵寝。经恩准，委内官监冉肇总理其事。
此时，顺天府杨博，宛平杨时茂等分别上疏参告曹化淳“开门迎贼，贼入城，挺身侍从，今清入都，又复侍从，此卖国*臣，虽万斩不足服万民心。”
曹化淳上疏辩诬，奏辩甚力。奉旨“曹化淳无端抱屈，心迹已明，不必剖琛，该部知道。”
甲申之后，启门之说，仍广为流传。曹化淳阅读南方传来的野史笔记时，见仍有“捏诬之语，”深*“流传既广而秉笔者不加确察，便成无穷之秽”，遂于1662年去世前作《被诬遗嘱》及《感怀诗》四首，并抄录旧稿《记事俚言》和《剖陈疏稿》、《告归底册》，分发给诸子侄。《被诬遗嘱》及《感怀诗》，经曹氏后人传承抄录，至今仍保存完整。《遗嘱》较长且为文言，《感怀诗》情真意切，愤懑与无奈溢于言表。如《忽�G南来野史记内有捏诬语感怀》诗：“报国愚忠罔顾身，无端造诬自何人？家居六载还遭谤，并信从前使不真。”
曹化淳与东林交好，且为人忠厚，并没有其他恶迹，竟然也遭到文人的污蔑，蒙“开城纵贼”之冤。“家居六载还遭谤，并信从前使不真。”他终于体会到了文人的**，感受到了被他排斥的魏忠贤的无奈。