同种异体人胰岛移植的临床应用研究（50万，广东省科技厅卫生厅联合攻关）
转基因介导的核因子-kB激活与胰岛素抵抗（20万，国家自然科学基金）
碘摄入量与甲状腺疾病关系的流行病学研究（15万，省自然科学基金重点项目）
2型糖尿病早期干预方式对其预后影响综合研究（150万，全国多中心合作研究）
2型糖尿病及其并发症的早期防治（100万，广州市科技局）
社会** 兼任中华医学会 糖尿病学分会（全国）主任委员、中华医学会 内分泌学会委员、广东省糖尿病防治研究中心主任、广东省医学会糖尿病学会主任委员、亚洲分子糖尿病学会理事、中国糖尿病指南推广小组南中国区组长。 获奖情况广东省科技进步奖2项（三等奖）
南粤优秀教师奖
教育部新世纪优秀人才计划
2006 年以“胰岛 B 细胞功能和 2 型糖尿病关系的实验和临床研究”获教育部科技进步一等奖。
2008年5月24日，作为通讯作者在英国著名医学杂志《柳叶刀》The Lancet （在2007年的 Impact Factor 是25.8）发表文章：Effect of intensive insulin therapy on β-cell function and glycaemic control in patients with newly diagnosed type 2 diabetes: a multicentre randomised parallel-group trial》(The Lancet ，May 2008; 371:1753-1760)。翁建平教授成为了全球糖尿病领域最耀眼的专家。