简军利用业余时间读完了3年的棉纺工程、3年的国际贸易、3年的经济管理、2年的MBA和2年的投资管理。简军就任二棉厂厂长，一开始就面临着各种难题和挑战。但她说，**如果表现出不好的精神状态对员工会有消极的连锁反应，所以新的**班子在厂里要顶着巨大的压力露出自信的微笑。凭着出色的办事能力，简军先后担任厂办副主任、主任、气流纺车间主任、厂长助理等职。1991年开始，她先后担任副厂长、厂长等职，开始参与主持企业的全面工作。只有36岁的简军在二棉这样大型国有企业里作到一把手，这在当时可以说是一个大胆的尝试。在简军的带领下，二棉厂的产品荣获两个北京市名牌，并得到国内外市场的高度认可。因为大力开展国内外贸易，二棉的产品营销、出口创汇达到历史最高水平。在班子及全体员工的共同努力下，企业逐步摆*困境，市场竞争力不断增强。二棉在三年后扭亏为盈，第三年盈利1700多万。
作为京棉集团的总经理，简军亲身经历了三大国有企业改革、重组、调整的剧烈“阵痛”。要在2年多的时间里把1.73万名职工减至8400人，她面临着理智与情感的激烈碰撞。1996年，全国 纺织产业都处于有史以来最为严重的亏损状态。北京的三个棉纺企业亏损额也是相当大的。1997年8月，经北京市委、市政府决定，处于困境中的北京**、二、三棉纺织厂三个大型国有企业联合，组建北京京棉纺织集团有限责任公司。集团按照现代企业法人治理结构的要求，形成**体系，简军在重组中担任集团总经理。京棉集团三年的调整、重组、改革、发展的实践，充分证明了只有改革重组才能使老国企焕发出新的青春与活力。作为京棉集团的总经理，简军亲身经历了三个大型国有企业改革、重组、调整的策划、组织、实施的全过程，她深刻地体会到国有企业改革的艰难与复杂性，也更加清醒地看到，改革创新是大型国有企业摆*困境寻求生存的唯一出路。
京棉集团的改革、重组、调整取得了突出的成效，得到国家经贸委、北京市委、市政府及北京纺织控股公司的充分肯定。作为总经理，简军得到了很多的鼓励和荣誉，多次被评为北京市爱国立功标兵，纺织控股公司创业带头人，以及北京市经委等七个委、局颁发“在完成国有企业改革与*困阶段性目标、推进国有企业改革与发展过程中做出突出成绩予以表彰”的荣誉证书，并获得”全国纺织工业系统劳动模范”光荣称号。