1929年到1945年2月是徐在***中统局中担任**的时期。其重要靠山为同族前辈徐青甫，由于徐青甫曾经为蒋中正的启蒙师傅，故曾尽力拉拢甫，徐为了升官后又将CC系头目陈氏弟兄拉拢过来，1927年四一二*****后，参加陈果夫、陈立夫组织的**俱乐部(即CC)。这也使得徐恩曾在1928年坐到了*****组织部总务科科长的座位上，并于1931年兼任该部调查科科长，至此便开始了徐**、反人民的特务生涯。也就是这一年使得蒋对徐刮目相看，徐捕获了****特科负责人顾顺章并成功使其变节投降，令蒋掌握了大量宝贵材料并由此破坏了**很多组织。徐恩曾更“出色”的是，曾有一段时间在“中统”局第二组（后改为第二处）从组长到小特务清一色的都是**叛徒，其中比较的“著名”有陈建中、杜衡、郭乾辉、周光亚、先太启、王维理、范振中、邹春生等人，而在中统内部**叛徒也占了极大比例，就连徐的小妾费侠也是**叛徒！1936年，以陈立夫为局长的军事委员会调查统计局（军统局）成立，徐恩曾任该局**处处长，戴笠任第二处处长，这也是为什么后来人们称中统特务为一处的人，而叫军统特务为二处的人的原由。1938年8月，中国*****执行委员会调查统计局（简称中统局）成立，徐恩曾任副局长，**党部秘书长朱家骅任局长，原军统局局长为蒋介石委员长侍从室**处主任贺耀祖兼任，副局长为戴笠。但中统、军统两局与其它局不同，人事权与经济权都在副主管手中，就连蒋介石对两局下达命令也只写“中统局徐副局长恩曾”字样，这样一来局长实际成了虚设之衔，而真正的主管其实是副局长。于是徐恩曾也就正式成为中统特务头子。但朱家骅与徐恩曾的关系并非是戴笠与贺耀祖的关系那样。贺耀祖有职无权，戴笠经常在蒋介石面前，有什么事可以直接当面请示，即使过后被贺耀祖知道了也是没什么用，甚至可以说贺耀祖的命令基本在军统没什么效力可言；而朱家骅却是当时蒋介石的一流红人，朱家骅在局里也有很多嫡系，如局秘书刘次萧，会计室主任李光灼，统计处处长郑尧泮，局训练委员会主任委员郭紫峻等，加上朱家骅本人又身兼国民政府委员，考试院院长，**研究院院长，**党部秘书长，中英庚款保管董事会董事长，中德协会会长，留法、比、瑞同学会会长等头衔，更是让徐恩曾憷头。另外又有戴季陶为他撑腰，足可以确保朱家骅在中统局的地位，但朱家骅本人并不怎么过问中统之事，使得徐恩曾可以稳坐“金交椅”，只是在签署命令时朱家骅与徐恩曾共同署名签发。
家庭成员徐恩曾之母、长期住在上海或吴兴原籍，从未到南京依靠徐生活。其早年佣工张庭桂、郭文浩和婢女高宝珍等，后来都成为中统特务，在局本部担任油印或其他事务工作。他们在私人谈话中，有时还称徐为“少爷”。徐母在抗日战争*发后，因年事已高，留在上海，1941年病死。
徐恩曾有妻三人，1949年大陆解放时，都还健在。其原配眉氏，是吴兴人，起初，两人感情尚好，徐妻一向与徐母同住，约自1928年起，两人感情恶化，徐恩曾后来干脆不再回家住，或回家也不与张氏同居。但徐妻始终住在徐家，整天吃斋念佛，很少找徐的麻烦。张氏生有一女，女儿随母生活，很少与徐恩曾见面。
徐恩曾的第二个老婆叫王素卿，东北人，体格健壮，性情泼辣，贪财好色，原是徐恩曾的友人之妻。友人赴英国留学，托徐予以照顾，友人出国后不久，1929年，徐恩曾与王同居，王氏一年生一个，生有子女四五人。后来，友人返国，见生米已成熟饭，又慑于徐恩曾的权势，只好忍气吞声，不再过问。
徐恩曾第三个老婆费侠，曾留学苏联，是一个革命叛徒，怀有**野心。与徐恩曾结婚前，在徐恩曾的**下参加《中苏半月刊》的工作。与徐恩曾结婚后，经常出入于中统局。费侠虽未正式参加中统特务组织，却实际地参与了中统特务的活动。她经常与***候补中执委吕晓道、陈逸云等混在一起。1948年她当上了***的立法委员后，更是经常往来于南京、上海之间，**活动更加积极。1949年初，***上海市党部主任委员方台组织所谓“上海各界民众紧急动员委员会”，费侠担任委员，并在会中不断叫嚣要“与上海共存亡”。解放前夕，同徐恩曾一起逃到了台湾。
徐恩曾与费侠生有子女四五个，其长子1939年生，乳名明明。费侠之母是一旧式的家庭妇女，1938年以后，一直住在徐家，费侠所生子女，都由她照顾。
失宠**蒋介石用人从来都是本着“人才兼奴才”的原则，本来对于中统局特工首脑徐恩曾，自以为培植了一条最忠实的走狗。从干特务工作来说，徐恩曾确实是不枉其才，长期**中统，捕****人，为蒋介石及其统治立下了汗马功劳，其忠心耿耿的奴才程度，蒋介石也是极为满意的。
1945年，即徐恩曾担任中统**职务的第15年，蒋介石却突然颁下“撤去徐恩曾本兼各职永不录用”的手谕。1月30日手令下发，2月1日上午9时即举行交接仪式。徐恩曾最主要的职务中统局副局长丢掉了，其速度之快令人咋舌。1945年5月，他的*****委员一职也落选。当时，对于徐恩曾的被**，一般人均感到莫名其妙。中统局一度人心慌慌，连工作都无法进行。其实原因很简单，他的一些所作所为引起了蒋介石本人的严重不满。真正引起蒋介石不快的是在徐恩曾兼任交通部政务次长之后。1941年以前，蒋介石一直认为中统开展工作还可以，但后期在**活动上却远远落后于军统，就是因为徐恩曾不像戴笠那样，甘心专心始终如一的以搞特务工作为己任。1941年徐恩曾经被吴铁城推荐被任命为交通部次长以后，蒋介石专门予以召见。
在***的一次**全会开会期间，忽然在*****党部发现一条标语，赫然大书：“总裁独裁，中正不正”。徐恩曾不敢怠慢，马上报告给蒋介石。蒋介石严令徐恩曾必须彻查予以严办。虽然，徐恩曾动员了庞大的特务网，费时日久，始终未能破获此案，也无法向蒋介石交待。这更引起了蒋介石的愤怒，他又一次严厉斥骂徐恩曾：“在我们的心腹重地，出现这等事，既未能事先加以防止，事后又不能查出究竟，实在有忝职守。”
另外，军统、政学系等一直与中统勾心斗角，不时在蒋面前打小报告。蒋介石早已不信任徐，竟先后安排了孙紫峻、顾建中两个副局长牵制，这也违反蒋介石在特务系统中只委任一个副局长专司其职的做法，可见蒋介石对徐恩曾早已不放心了。加上二陈的见弃，徐恩曾的倒台终于不可避免。最终导致蒋介石对徐恩曾极大厌恶而终下**决心的导火索是因徐参预中印缅边境交通**，并放纵他的前妻利用中统特权假借抗战物资运输大发国难财。军统局因一直与中统有矛盾，故戴笠一直千方百计搜集徐的不法行为。之前徐的前妻**劣迹军统局已呈报给蒋，蒋还曾告戒过徐恩曾，要他严加管束。这次蒋极为震怒，终下决心。
1949年1月，做为多年与***作对的徐恩曾，已感觉到*****即将崩溃，他忧心忡忡地哀鸣：“***一定是不会放过我的，一定要向我算账的。”1949年3月，他与其妻费侠从上海仓惶逃往台湾，开始了他的富商生活，但自然没有政客生活那么风光。1985年死于台湾。