这个是根据定量PCR算法决定的，如果是相对定量，就需要内参，内参主要是使样品均一化，你做实验的时候，可能提取RNA时所用的样品是相同的，反转录时所用的mRNA的量是相同的，做定量PCR时所加的cDNA量也是相同的。但是你的样品是新长的部分，还是老的部分？
反转录时是加相同的体积还是相同打质量，这些对结果都是有影响的。
如果是绝对定量，就可以不用内参。
做反转录PCR的时候为什么需要内参基因内参基因表达水平一致结果才具有可信度～内参不齐怎么说明是细胞数引起的目的基因上下调还是目的基因本身表达的变化～我知道和使用过的u6内参基因只有两个： rnu6-1和rnu6-2.前一个就是常见的u6，后一个有时被称为u6b. 在我的大鼠rna样本当中，u6表达量有些太高，u6b的cq值与我的目标mirna比较接近，稳定性也很好。但是这些对植物样本中的内参基因选择没有什么指导意义。
为了确定u6在植物中的保守性，比较快捷的办法是找到谈论这个话题的文献综述。如果没有人写过这样的综述的话，就只能靠自己去数据库找到所有序列自己对比了。
关于内参基因的选择，必须实验确定特定样本中的表达水平稳定，其他文献中报导的内参基因不一定适合你的样本。做新的课题时，选择内参基因一般是选取3-5个常用的，pcr测试后选取。
这里有applied **osystem一篇非常好的文章讨论内参基因，里面有很多建议和备选，但都是人和小鼠中测试的。我贴链接不方便，麻烦你自己把点和斜换成标点以后使用：
3点applied**osystems点斜cms斜groups斜mcb_marketing斜documents斜generaldocuments斜cms_044972点pdf
以上公司的mir pcr是茎环法，也是我使用过的，两个引物不在同一个管内，两个步骤也是完全分开先后进行的。暂时没有看到他们有内参和目标基因在同一反应管进行的mir pcr产品， 因为他们的pcr探针都用的同一种荧光。如果楼主感兴趣rt-pcr一步反应的，并且内参能够与目标mir在同一反应体系进行的产品，还要去咨询各大厂商。